3.4. 结构文件

对于结构优化、分子动力学、DIMER、NEB等计算，Hylanemos会输出结构文件。 结构优化、分子动力学、DIMER的输出文件包括STEPPOS和CURRENTPOS文件，NEB的输出文件包括INITIAL_CHAIN和CURRENT_CHAIN。

3.4.1. CURRENTPOS文件

CURRENTPOS文件会写在任务目录下，里面是当前离子步的结构。

lattice Bohr                                        #固定的格式，lattice Bohr，表示晶格常数以Bohr为单位
        18.59490500   0.00000000      0.00000000        #晶格常数矩阵
        -9.29745300  16.10366000      0.00000000
         0.00000000   0.00000000     28.34589200
species     2                                           #体系的元素种类的个数
        Li  C                                           #每种元素种类的名称
        1   4                                           #每种元素对应的原子的个数
positions   5                                       #体系原子的位置和个数
      0.58370765      0.42151290      0.24003217    #每个原子的分数坐标
      0.00016137      0.00054595      0.11394988
      0.08292435      0.16637444      0.11350115
      0.25005469      0.00003352      0.11398821
      0.33277942      0.16577652      0.11200821

3.4.2. STEPPOS文件

STEPPOS文件会写在任务目录下，包括计算过程中每一个离子步的结构。文件结构和STEPPOS类似，两个离子步之间的结构以空行隔开。

3.4.3. INITIAL_CHAIN文件

INITIAL_CHAIN文件会写在任务目录下，里面是NEB计算时初始生成的每个image的结构。 下方是一个3个image的结构的例子，不同image之间以空格隔开，每个image的格式和CURRENTPOS文件类似。

lattice Bohr
 10.33456100      0.00000000      0.00000000
  0.00000000     10.33456100      0.00000000
  0.00000000      0.00000000     10.33456100
species 1
        Si
        7
positions       7
          0.00286000      0.00286000      0.50286000
          0.25000000      0.75000000      0.25000000
          0.49714000      0.00286000     -0.00286000
          0.75000000      0.75000000      0.75000000
          0.00286000      0.49714000     -0.00286000
          0.49714000      0.49714000      0.50286000
          0.75000000      0.25000000      0.25000000

lattice Bohr
         10.33456100      0.00000000      0.00000000
          0.00000000     10.33456100      0.00000000
          0.00000000      0.00000000     10.33456100
species 1
        Si
        7
positions       7
          0.06392975      0.06392975      0.56392975
          0.24928475      0.75071525      0.25071525
          0.49785500      0.00214500     -0.00214500
          0.75071525      0.75071525      0.74928475
          0.00214500      0.49785500     -0.00214500
          0.49785500      0.49785500      0.50214500
          0.75071525      0.24928475      0.25071525

lattice Bohr
         10.33456100      0.00000000      0.00000000
          0.00000000     10.33456100      0.00000000
          0.00000000      0.00000000     10.33456100
species 1
        Si
        7
positions       7
          0.12499950      0.12499950      0.62499950
          0.24856950      0.75143050      0.25143050
          0.49857000      0.00143000     -0.00143000
          0.75143050      0.75143050      0.74856950
          0.00143000      0.49857000     -0.00143000
          0.49857000      0.49857000      0.50143000
          0.75143050      0.24856950      0.25143050

3.4.4. CURRENT_CHAIN文件

CURRENT_CHAIN文件会写在任务目录下，里面是NEB计算时当前步的每个image的结构，计算完成后就是最终的每个image的结构。 文件结构和INITIAL_CHAIN类似。